純化的DNA在每個試劑盒的洗脫緩沖液100μL中洗脫,并使用Promega QuantiFluor dsDNA系統(tǒng)進行定量。通過使用純化DNA的10X,100X和1000X稀釋的16S細菌特異性引物進行實時PCR來分析來自兩個試劑盒的純化DNA的質(zhì)量。...
他們使用mock群落,其中包含了數(shù)量相同的11種與人類關聯(lián)的細菌。根據(jù)今年3月發(fā)表在《PLoS ONE》雜志上的一篇文章,研究人員分析了mock群落中的16S rRNA基因序列,發(fā)現(xiàn)六種DNA提取方法在觀察到的物種豐度和預計的物種豐度之間都存在明顯差異。3 換句話說,沒有一種方法能準確代表mock群落的細菌多樣性。 ...
氨氧化反應是硝化作用的第一步,也是全球氮循環(huán)中由微生物活動形成硝化鹽的重要進程。Leininger[11]檢測了3個氣候區(qū)域12塊原始和農(nóng)業(yè)用地的土壤里編碼氨單加氧酶(amoA)的一個亞基的基因豐度。采用反向轉(zhuǎn)錄定量PCR研究及無需克隆的焦磷酸測序技術對互補DNA測序,證實古細菌的氨氧化活性要遠高于細菌,證實Crenarchaeota可能是土壤生態(tài)系統(tǒng)中最富有氨氧化活性的微生物。...
分子生態(tài)學技術在環(huán)境污染研究中的應用 2.1 污染環(huán)境微生物種群動態(tài)的分析 在微生物系統(tǒng)分析中,16SrRNA:DNA的比率是檢測復雜的微生物種群特定成員代謝活動的有效參數(shù).核酸可以通過以專一性和通用型探針分別與直接從微生物樣品中分離的總核苷酸進行雜交,可獲得相對于總16SrRNA的特定16SrRNA數(shù)量,其相對豐度可以用與專一性探針和通用型探針雜交的殘余放射性強度之比來表示.在穩(wěn)定的條件下...
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