作為強有力的分離和鑒定復(fù)雜混合物的分析手段，GCMS已廣泛應(yīng)用于許多領(lǐng)域。特別在天然香精油，香氣香味產(chǎn)品的分析鑒定有明顯的優(yōu)勢。

        MS鑒定未知物最常用的辦法就是未知物的質(zhì)譜與質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫中標準譜圖進行對比?；谙嗨贫?，檢索功能可提供一個按相似系數(shù)由高到低的匹配列表。相似度越大，檢索的正確的可能性就越高。

       正如眾所周知，充滿揮發(fā)性香氣香味成分的植物的提取物，香精油等天然材料的復(fù)雜機體含大量的萜（烯）化合物，即由異戊二烯單元組成烯類，如單萜，二萜，倍半萜，雙萜烯類化合物，及其含氧衍生物，如醇類，醛類，酮類，酯類，醚類，氧化物等的復(fù)雜混合物。

      同分異構(gòu)體有著相似的質(zhì)譜圖，其質(zhì)譜裂解出非常相似的碎片，用質(zhì)譜數(shù)據(jù)譜庫PBM檢索就難以識別。例如，甲位蒎烯和乙位蒎烯這兩個異構(gòu)體的質(zhì)譜圖非常接近，在PBM檢索時，給出的結(jié)果可能把甲位判斷成乙位。再例如，檸檬醛的兩個異構(gòu)體橙花醛和香葉醛，橙花醇和香葉醇等等也有同樣問題。許多醇和及其酯的大部分離子碎片也相同。脂肪醇和直鏈烯烴的質(zhì)譜圖非常相似。三個二甲苯的鄰，間，對異構(gòu)體也非常相似。

      有時候，即是匹配度很高，也無法斷定檢索的結(jié)果是否正確。有時候檢索到的幾個化合物的匹配度都很高，也很接近，究竟選哪一個呢？對于異構(gòu)體，同系物和結(jié)構(gòu)特征相似的化合物，由于其質(zhì)譜圖非常相似，譜庫檢索結(jié)果匹配度，排列次序都很接近，檢索給出的順序也不一定正確。

      但它們的保留時間可能會不同，但保留時間只能在特定色譜條件下不變，而保留指數(shù)在固定相相同下有可比性。雖然在相同的柱子上和相同的色譜條件下，兩個不同的化合物的保留指數(shù)有可能相同。但兩個化合物同時具有相同的保留指數(shù)（或保留時間）和相同的質(zhì)譜圖的不可能性極小。

      所以在譜庫檢索的基礎(chǔ)上，用保留指數(shù)來確認結(jié)果，是一種很重要的手段。