2023新品系列！代謝多組學聯(lián)合分析全新上市，你想要的數(shù)據(jù)挖掘全都有！

吉凱基因

2023.5.24

多組學使得生命科學研究發(fā)生了革命性的變化，有助于加速人類對于生理病理過程的了解，從基因、轉錄、蛋白和代謝等多個水平進行全局性研究，同時還能夠相互驗證，減少單一組學分析的局限性和假陽性，有助于構建機體調(diào)控網(wǎng)絡，深層次闡述各分子水平之間的調(diào)控關系及因果關系。因此，這種從部分到整體的研究思路也將是一種必然的趨勢。

吉凱基因一直致力于提供遠超行業(yè)常規(guī)標準的生信服務，為不斷追求極致的用戶體驗，此次我們對代謝組+轉錄組/蛋白質(zhì)組聯(lián)合分析進行全新升級。自2023年5月24日起新簽的代謝多組學合同，均可自動升級為2023年版最新代謝多組學生信分析套系!

究竟有哪些分析內(nèi)容呢，跟著小編一起來看看吧。

三大看點

1. TOP級期刊生信分析：遠超行業(yè)常規(guī)交付標準，數(shù)據(jù)分析契合論文寫作思路

通過閱讀和整理近年來發(fā)表的代謝多組學文獻思路，本套分析我們試圖從“因”和“果”兩個層面來探究生物學問題，實現(xiàn)從海量的數(shù)據(jù)中篩選出關鍵基因、代謝物及代謝通路，深度解析生理病理調(diào)控過程，解釋生物過程的復雜性和整體性，以提升研究的完整性、廣度和深度。

吉凱基因設計的此版聯(lián)合分析報告內(nèi)容提供多達18項分析內(nèi)容，遠超行業(yè)常規(guī)交付標準，且數(shù)據(jù)分析邏輯契合論文寫作思路。

2. 多維度數(shù)據(jù)挖掘：KEGG直接關聯(lián)&相關性間接關聯(lián)分析，多角度挖掘重要基因和通路

在聯(lián)合分析報告上，吉凱采用KEGG和相關性分析，從直接關聯(lián)和間接關聯(lián)兩個維度，多角度挖掘重要基因和通路。代謝聯(lián)合分析整體結果如下所示：

3. 全新的報告設計：干凈整潔的網(wǎng)頁界面，多重交互式體驗報告

代謝多組學聯(lián)合報告采用了全新的網(wǎng)頁版設計，界面干凈、整潔。右側目錄欄顯示了報告的主體內(nèi)容，

報告核心內(nèi)容說明

在聯(lián)合分析報告上，吉凱采用KEGG和相關性分析，從直接關聯(lián)和間接關聯(lián)兩個維度，多角度挖掘重要基因和通路。本套報告究竟有哪些核心交付內(nèi)容呢，一起跟小編來看看吧。

1. 兩組學KEGG整合分析

KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，http://www.kegg.jp/）數(shù)據(jù)庫將基因組信息和代謝物功能信息有機地結合了起來。通過對轉錄組分析得到的差異基因和代謝組分析得到的差異代謝物進行KEGG通路整合分析，從“因”和“果”兩個層面來探究生物學問題，相互驗證，有助于從海量的數(shù)據(jù)中確定關鍵變化的代謝通路，構建機體調(diào)控網(wǎng)絡。

吉凱基因提供KEGG通路注釋/富集比較、共有KEGG富集通路的可視化分析和共有富集通路完整信息表等多項分析內(nèi)容。

1.1 KEGG通路注釋/富集結果比較

對兩組學差異分子KEGG注釋和富集兩部分結果，吉凱基因：

（1）以氣泡圖直觀展示了各組學差異分子顯著性富集到的通路信息。

（2）采用Venn分析來比較兩組學KEGG通路注釋/富集結果，直觀展示兩組學通路變化層面上的共性和特異性。

（3）以總差異數(shù)TOP10通路圖對總差異分子數(shù)（差異基因數(shù)+差異代謝物數(shù)）最多的前10 條KEGG通路進行展示，以便幫助研究者了解本項目差異分子集中注釋/富集到哪些異常通路上了。

（4）以共有TOP20通路圖對共有通路中總差異分子數(shù)最多的前20條KEGG通路優(yōu)先進行展示，以便幫助研究者了解本項目差異分子集中注釋/富集到哪些共同異常的通路上了。

氣泡圖

venn分析

總差異數(shù)TOP10通路圖

共有TOP20通路

1.2 共有KEGG富集通路完整信息表

共有的富集通路中究竟涉及哪些差異分子，上下調(diào)變化趨勢如何？這通常也是論文中需要展示的信息，為研究者核心關注。吉凱基因提供《共有KEGG富集通路完整信息表》，表格上整理了共有富集的KEGG通路名稱、富集在這些通路中的差異基因和差異代謝物的差異表達信息，如差異變化倍數(shù)、差異變化顯著性及差異變化趨勢（上調(diào)或下調(diào)）等信息。表頭示例如下所示。

1.3 共有KEGG富集通路的可視化分析

針對上述分析出的兩組學共有KEGG富集通路，吉凱基因采用通路圖、圈圖、網(wǎng)絡圖和箱體圖來展示差異基因和差異代謝物的通路歸屬信息、KEGG通路上的位置信息以及關鍵節(jié)點分子。

通路圖

圈圖

網(wǎng)絡圖

TOP9 hub基因差異表達箱體圖

TOP9 hub代謝物差異表達箱體圖

2. 兩組學相關性分析

受限于組學技術檢測能力上的限制和偏好性，可能會出現(xiàn)兩組學KEGG關聯(lián)不上或者關聯(lián)上的通路較少的情況。此外，對于一些沒有通路注釋的代謝物和基因，如果單純的依靠KEGG注釋和富集分析，往往會漏掉這些關鍵的信息。但由于參與同一生物過程的基因或者代謝物往往表現(xiàn)出相同或相似的變化趨勢，因此，可以利用相關性分析揭示基因和代謝物之間的調(diào)控機制。

本套代謝聯(lián)合報告，吉凱基因?qū)Σ町惢蚝筒町惔x物在所有樣本中的相對定量值進行相關性分析，計算基因-代謝物之間的相關性，并對顯著性強相關的基因代謝物進行相關性熱圖、散點圖、圈圖和網(wǎng)絡圖等一系列可視化展示。結果示例如下所示。

相關性熱圖

相關性圖

散點圖

圈圖

網(wǎng)絡圖

3. 高級分析內(nèi)容

除KEGG和相關性分析外，吉凱基因還提供多組學IPA功能模塊分析、WCNA分析和兩組學生物標志物分析。

3.1 IPA功能模塊分析

Ingenuity Pathway Analysis（IPA數(shù)據(jù)庫）是目前生命科學研究領域最可靠、最全面的功能研究數(shù)據(jù)庫。吉凱基因購買了商業(yè)版的IPA軟件，可以提供經(jīng)典通路分析、疾病和功能分析、上游調(diào)控分析、調(diào)控效應分析和相互作用網(wǎng)絡分析等5個模塊的IPA分析服務內(nèi)容，分析結果可直接用于論文中。

3.2 Metscape調(diào)控網(wǎng)絡分析

MetScape是一個Cytoscape插件，該數(shù)據(jù)庫集成了來自KEGG和EHMN的數(shù)據(jù)，用于在人體新陳代謝的背景下可視化和解釋代謝組學和基因表達譜分析數(shù)據(jù)。通過MetScape軟件構建差異基因與差異代謝物的互作網(wǎng)絡圖，追蹤代謝物和基因之間的聯(lián)系，可視化化合物網(wǎng)絡并顯示化合物結構以及反應類型、酶、基因和通路的信息。

3.3 兩組學聯(lián)合標志物篩選分析

隨著高通量組學技術的發(fā)展，生物標志物的研究也開始從單一組學數(shù)據(jù)到多組學數(shù)據(jù)發(fā)展。已有多項臨床研究表明，多組學標志物檢測敏感性和特異性優(yōu)于單一組學標志物，更精準的做法是在不同組學中同時捕捉腫瘤異常信號，把不同層次的組學信息互相補足，這才有可能通過模型構建實現(xiàn)更高的靈敏度和特異性。

以上為本次新版代謝聯(lián)合分析報告的最主要的看點和分析內(nèi)容。吉凱基因一直致力于提供遠超行業(yè)常規(guī)標準的生信服務，為不斷追求極致的用戶體驗，我們衷心的希望此次升級的2023年版代謝多組學聯(lián)合分析可以助力科研用戶數(shù)據(jù)挖掘更輕松。自2023年5月24日起新簽的代謝多組學合同，均可自動升級為2023年版最新代謝多組學生信分析套系!有需要咨詢的老師請聯(lián)系吉凱當?shù)貥I(yè)務員或者撥打客服熱線4006210320，也可添加吉凱客服“jikaikefu”索取當?shù)貥I(yè)務員聯(lián)系方式。

吉凱基因憑借多年在靶標篩選及驗證服務領域的技術積累，建立的標準化、工程化、系統(tǒng)化的GRP平臺，為中國研究型醫(yī)生提供科研服務，加快科研成果轉化。其中，多組學平臺包含蛋白質(zhì)組學平臺和高通量測序平臺：

·蛋白質(zhì)組學平臺擁有多臺timsTOF Pro、Exploris 480高精度質(zhì)譜儀，專業(yè)領先的PaSER、Spectronaut Plusar等分析軟件，提供專業(yè)的4D、DIA、TMT、PRM、磷酸化修飾組、olink蛋白質(zhì)組等檢測服務，強大的機器學習算法、IPA分析、蛋白基因組分析服務，系統(tǒng)的生物標志物、分子分型、藥物靶點、基因功能研究等解決方案，真正讓廣大研究型醫(yī)生的科研工作更省心、更省力、更高效；

·高通量測序平臺分為常規(guī)測序服務和單細胞測序服務：單細胞測序擁有10x和BD兩個平臺，提供單細胞RNA-seq、單細胞核測序、單細胞混樣RNA-seq、單細胞TCR/BCR、單細胞（RNA+ATAC）、空間轉錄組測序等服務；常規(guī)測序服務提供meRIP-seq（m6A/m1A/m7G/m5C 等RNA甲基化修飾測序）、acRIP-seq（ac4C RNA乙酰化修飾測序）、ATAC-seq、Ribo-seq（翻譯組測序）、mRNA/miRNA/LncRNA/circRNA-seq、全轉錄組測序（兩文庫/三文庫）、外泌體miRNA/LncRNA-seq、WGS/WES、WGBS、RRBS、BSAS等服務。