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網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué) | 靶點(diǎn)GO/KEGG注釋和富集分析
上期我們介紹了關(guān)于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)中對(duì)疾病靶點(diǎn)預(yù)測(cè)的相關(guān)內(nèi)容分享，在網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究中，獲取到這些信息之后，往往會(huì)進(jìn)行GO和KEGG通路富集分析，整體上來(lái)看一下中藥對(duì)于疾病治療所影響的通路有哪一些。本期我們就具體利用幾個(gè)網(wǎng)站來(lái)看一下如何獲取這部分的信息。
1.使用網(wǎng)站：
Metascape（https://metascape.org/gp/index.html#/main/step1）
用途：用于繪制GO或KEGG條形圖；可以用于繪制通路之間相關(guān)關(guān)系網(wǎng)絡(luò)圖和PPI圖，且繪制出的該類圖片可以用Cytoscape打開(kāi)編輯。
是一個(gè)功能強(qiáng)大的基因功能注釋分析工具，可以批量對(duì)基因和蛋白質(zhì)進(jìn)行功能注釋以及富集分析，同時(shí)也可以用于構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)，導(dǎo)出的圖形可以直接在Cytoscape中進(jìn)行調(diào)整。該網(wǎng)站每個(gè)月更新一次，2019年該網(wǎng)站的開(kāi)發(fā)者總結(jié)文獻(xiàn)中使用結(jié)果發(fā)表Nature communications文章。
以GeneCards上獲取的腎病相關(guān)靶點(diǎn)進(jìn)行分析：
①在首頁(yè)中打開(kāi)靶點(diǎn)相關(guān)的文件（支持格式為excel、CSV、txt）或者直接粘貼相關(guān)的內(nèi)容（支持Gene Symbol、Gene ID、RefSeq），
②網(wǎng)頁(yè)跳轉(zhuǎn)之后，
③分析完成后，
2.使用網(wǎng)站DAVID（https://david.ncifcrf.gov/)
用途：用于對(duì)基因進(jìn)行KEGG和GO注釋和富集分析，只能輸出分析結(jié)果表格，不能輸出條形圖；
以GeneCards上獲取的腎病相關(guān)靶點(diǎn)進(jìn)行分析
①鼠標(biāo)放在首頁(yè)上的”Shortcut to DAVID Tool”，在下拉選項(xiàng)中選中“Functional Annotation Clustering”進(jìn)入查詢界面；
②在查詢界面依次輸入所需要分析的內(nèi)容：Step1-輸入gene list或者打開(kāi)相應(yīng)文件；Step2-選擇輸入內(nèi)容的格式（一般是gene symbol或者gene ID）；Step2a-輸入物種信息（輸入human）；
Step3-選擇“Gene List”；Step4-
③接下來(lái)需要選擇富集分析的條目：取消勾選全部，選擇GO或KEGG進(jìn)行注釋和富集分析；選定之后
④分析完成后，
3.使用網(wǎng)站：
KOBAS（http://kobas.cbi.pku.edu.cn/）
用途：用于基因列表或表達(dá)數(shù)據(jù)KEGG注釋和富集分析，無(wú)法出具可視化圖片；
以GeneCards上獲取的腎病相關(guān)靶點(diǎn)進(jìn)行分析
①將鼠標(biāo)放在首頁(yè)上”Enrichment”上，
②進(jìn)入分析界面后，首先選擇“species”和“input type”，選定后在“input”處貼入待分析的數(shù)據(jù)，在頁(yè)面下方選擇分析來(lái)源的數(shù)據(jù)庫(kù)“PATHWAY”、“DISEASE”、“GO”，
③分析完成后，
通過(guò)以上網(wǎng)站獲取的GO或者KEGG富集分析的結(jié)果，最終需要利用R語(yǔ)言來(lái)進(jìn)行氣泡圖的繪制，關(guān)于這部分內(nèi)容我們就不做詳細(xì)介紹。
直播預(yù)告
如何篩選入組樣本？
如何設(shè)計(jì)完整的發(fā)現(xiàn)-驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)？
如何處理高維且復(fù)雜的代謝組數(shù)據(jù)？
如何篩選最關(guān)鍵的代謝標(biāo)志物？
如何評(píng)估標(biāo)志物的診斷效能？
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