網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué) | 利用TCMSP獲取中藥成分及靶點(diǎn)預(yù)測(cè)

邁維代謝

2022.10.10

上期我們介紹了為什么要在網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)中利用中藥代謝組來(lái)對(duì)中藥飲片、復(fù)方進(jìn)行檢測(cè)的原因，本期我們就具體來(lái)看一下，利用中藥代謝組獲得物質(zhì)之后如何進(jìn)行第一步的成分篩選。

本次使用的網(wǎng)站：

TCMSP（https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php）

該網(wǎng)站最后的更新時(shí)間為2014年，其中包含有中藥物種502個(gè)，包含中藥成分13729個(gè)，包含成分的靶標(biāo)3339個(gè)，以及對(duì)應(yīng)的疾病867種。

數(shù)據(jù)庫(kù)功能

1.通過(guò)物種名稱(chēng)查詢(xún)相關(guān)物質(zhì)、靶點(diǎn)、疾病

2.通過(guò)物質(zhì)查詢(xún)相關(guān)靶點(diǎn)、疾病

Tips：關(guān)于如何一鍵下載所有靶點(diǎn)

在瀏覽器中輸入“josn轉(zhuǎn)excel”選擇“在線(xiàn)小工具：JOSN轉(zhuǎn)Excel”；

回到TCMSP網(wǎng)站查詢(xún)頁(yè)面，鼠標(biāo)右鍵

向下拖動(dòng)內(nèi)容，查看到第一個(gè)data字樣，這一部分的內(nèi)容代表的是陳皮中所含有的成分列表，接下來(lái)第二個(gè)data字樣，這一部分內(nèi)容代表的是陳皮中成分所對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn)，選中該部分內(nèi)容（從“[”開(kāi)始到“]”結(jié)束），進(jìn)行復(fù)制，粘貼到j(luò)osn網(wǎng)站中，

篩選成分靶點(diǎn)（結(jié)合uniprot進(jìn)行target轉(zhuǎn)symbol）

在TCMSP網(wǎng)站中利用OB和DL對(duì)成分進(jìn)行篩選（一般篩選標(biāo)準(zhǔn)為OB≥30，DL≥0.18），將篩選得到的物質(zhì)進(jìn)行target匯總（可以利用從網(wǎng)頁(yè)源代碼中獲取的某個(gè)物種所有的靶標(biāo)進(jìn)行篩選，也可以單個(gè)物質(zhì)進(jìn)行復(fù)制導(dǎo)出）【該部分的內(nèi)容后續(xù)需要結(jié)合中藥代謝組再進(jìn)一步的分析】

①以中藥材“三七”為例，經(jīng)過(guò)OB≥30，DL≥0.18條件篩選之后，一共獲得8個(gè)物質(zhì)；

②對(duì)這8個(gè)物質(zhì)的靶點(diǎn)進(jìn)行篩選，可以得到如下結(jié)果，其中只有7個(gè)物質(zhì)有對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn)；

③結(jié)合uniprot進(jìn)行target轉(zhuǎn)symbol

首先將uniprot上的target和symbol信息下載下來(lái)，下載格式選擇為excel格式；

下載完成后首先對(duì)uniprot中的格式進(jìn)行調(diào)整，去除protein和gene部分的補(bǔ)充名稱(chēng)（利用分列工具去除多余的描述，利用TRIM函數(shù)去除空格），以免影響后續(xù)的匹配；

處理前的數(shù)據(jù)：

處理后的數(shù)據(jù)：

最后利用VLOOKUP函數(shù)將由TCMSP中獲得的靶點(diǎn)與uniprot進(jìn)行匹配，轉(zhuǎn)換target為symbol，

轉(zhuǎn)換結(jié)果如下：

刪除掉NA數(shù)據(jù)，得到最終的轉(zhuǎn)換結(jié)果

從三七的預(yù)測(cè)結(jié)果中，我們會(huì)發(fā)現(xiàn)，單獨(dú)只依賴(lài)于TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)篩選得到的物質(zhì)只剩下槲皮素，但是這個(gè)物質(zhì)在很多植物物種中都存在，結(jié)果必然會(huì)導(dǎo)致中藥研究的同質(zhì)化。因此結(jié)合中藥代謝組學(xué)的方式獲取到更多的成分及含量差異，有利于得到更加準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)結(jié)果。

公眾號(hào)對(duì)話(huà)框回復(fù)“TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)信息”即可得到完整版本的TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)包含的物質(zhì)信息表格。

本期關(guān)于利用TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)獲取我們想要的信息到這邊就結(jié)束了，下期我們一起來(lái)看下如何利用其他數(shù)據(jù)庫(kù)獲取成分靶點(diǎn)信息。

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