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科研快訊 | MGISEQ-200助力新冠病毒轉(zhuǎn)錄組結(jié)構(gòu)研究
3月15日，韓國基礎(chǔ)科學(xué)研究所 （IBS, Institute of Basic Science）?RNA 研究中心聯(lián)合國立首爾大學(xué) （Seoul National University）和韓國疾病預(yù)防控制中心（Korea Centers for Disease Control & Prevention）利用華大智造DNBSEQ 技術(shù)聯(lián)合 Nanopore 單分子測序技術(shù)，對新冠病毒感染的Vero細(xì)胞總RNA進(jìn)行了分析，并結(jié)合以往研究給出了新冠病毒轉(zhuǎn)錄組和表觀轉(zhuǎn)錄組的高清圖譜。
圖1 MGISEQ-200在韓國基礎(chǔ)科學(xué)研究所RNA研究中心
測序數(shù)據(jù)顯示，華大智造 MGISEQ-200 平臺的測序深度更高，相比單分子測序技術(shù)，可以對病毒基因組進(jìn)行更高深度覆蓋（圖1-D），能夠在更精細(xì)水平上研究基因組。
圖2?不同平臺測序數(shù)據(jù)分布及其基因組覆蓋度（其中圖A和圖B基于Nanopore平臺，圖C和圖D基于華大智造DNBSEQ平臺）
此外，研究者還發(fā)現(xiàn)新冠病毒使用經(jīng)典的 TRS（Transcription-Regulating Sequence，轉(zhuǎn)錄調(diào)控序列）介導(dǎo)的機(jī)制產(chǎn)生大部分sgRNA（subgenomic RNA，亞基因組RNA）（圖2-D），但同時發(fā)現(xiàn)了很多與TRS介導(dǎo)的重組不同的非經(jīng)典重組事件 (圖2-E, 2-F, 2-G)。
圖3?新冠病毒的經(jīng)典重組與非經(jīng)典重組位點
作為國產(chǎn)測序平臺之一，MGISEQ-200以其小巧、靈活、應(yīng)用廣泛的特點，在本次抗疫工作中表現(xiàn)不俗，不僅在疫情早期助力疾控單位完成新冠病毒全長組裝，而且還在后續(xù)的科學(xué)研究中發(fā)揮了重要作用。
圖4?MGISEQ-200
目前華大智造正在進(jìn)行 MGISEQ-200 升級工作，能更加靈活地滿足快檢應(yīng)用和科研應(yīng)用的需要，將從之前唯一的測序載片 FC（300M）升級為FCL（500M）和 FCS（100M），繼續(xù)為新冠病毒后續(xù)的科學(xué)研究提供更多助力。
【注：MGISEQ-200已在海外部分國家和地區(qū)更名為DNBSEQ-G50】
