腫瘤二代測(cè)序都能干什么？
基因檢測(cè)包括：PCR，F(xiàn)ISH，芯片技術(shù)，基因測(cè)序。基因測(cè)序技術(shù)是基因檢測(cè)的一種?；驕y(cè)序目前主要有一代測(cè)序（Sanger測(cè)序）、二代測(cè)序（illumina/Life Tech）、三代測(cè)序（單分子測(cè)序）等。PCR、FISH和芯片技術(shù)，主要是通過(guò)已知序列去調(diào)查特定確定的片段序列或位點(diǎn)的有或無(wú)，重點(diǎn)在“檢”，而基因測(cè)序技術(shù)是把基因序列上的核苷酸一個(gè)一個(gè)的測(cè)出來(lái)，重點(diǎn)在“測(cè)”。目前應(yīng)用最廣的是二代測(cè)序，即NGS。
雖然業(yè)內(nèi)有很多觀點(diǎn)認(rèn)為，由于基因測(cè)序的精準(zhǔn)度最高，隨著基因測(cè)序的成本下降，最終測(cè)序技術(shù)將取代PCR、FISH和芯片技術(shù)。但我們認(rèn)為，這種觀點(diǎn)是片面的。首先FISH技術(shù)，由于在細(xì)胞原位的特殊性，結(jié)合了細(xì)胞病理形態(tài)，就有其不可取代的作用。其次，腫瘤異質(zhì)性的存在，許多腫瘤的驅(qū)動(dòng)基因，是基于拷貝數(shù)的改變，或者合并基因突變和重排?？截悢?shù)結(jié)合突變重排的變化，就不僅需要全外顯子甚至全基因組進(jìn)行深度測(cè)序。但是一些明確意義的點(diǎn)突變和重排和拷貝數(shù)變化，目前有許多成熟技術(shù)可以輕松應(yīng)對(duì)，用all in one的思路來(lái)看待新技術(shù)在臨床的應(yīng)用，就如有了高鐵，就不需要特快列車和貨運(yùn)列車，有了核武器這樣巨大的殺傷性武器，就無(wú)需常規(guī)武器一樣幼稚。
測(cè)序應(yīng)用的分類
（一）非人類基因組應(yīng)用包括：科學(xué)研究、農(nóng)業(yè)應(yīng)用、環(huán)境污染監(jiān)測(cè)等。
（二）與人類基因組及健康疾病相關(guān)的應(yīng)用主要包括：司法鑒定、消費(fèi)級(jí)應(yīng)用、醫(yī)療級(jí)應(yīng)用三大類。
目前，醫(yī)療級(jí)應(yīng)用主要有：生殖健康（NIPT、植入前胚胎遺傳學(xué)診斷）、遺傳性疾病檢測(cè)、心血管疾病、感染性疾病、藥物基因組學(xué)及新藥研發(fā)、體檢及疾病篩查、醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)研究、腸道微生物宏基因組、腫瘤診斷及治療等。醫(yī)療級(jí)應(yīng)用的基因測(cè)序技術(shù)，是精準(zhǔn)醫(yī)療重要的組成部分，是基因測(cè)序技術(shù)應(yīng)用的熱點(diǎn)。
腫瘤NGS的應(yīng)用現(xiàn)狀
根據(jù)市場(chǎng)的測(cè)算，在所有這些應(yīng)用中，目前針對(duì)人類第一大殺手疾病—腫瘤的基因測(cè)序?qū)?huì)占比最高，市場(chǎng)需求最大。關(guān)于國(guó)內(nèi)的腫瘤測(cè)序市場(chǎng)規(guī)模方面，可以做個(gè)簡(jiǎn)單的測(cè)算，目前每年新增癌癥患者300萬(wàn)人左右，且發(fā)病率呈上漲趨勢(shì)。每個(gè)病人的診療花費(fèi)大約在10萬(wàn)，整個(gè)市場(chǎng)規(guī)模大約在3000億，而根據(jù)醫(yī)療過(guò)程中，藥、檢、診所占的比例，腫瘤的基因診斷市場(chǎng)規(guī)?？蛇_(dá)百億級(jí)別。
腫瘤本身就是一種基因病，腫瘤細(xì)胞的基因在不斷的發(fā)生突變，腫瘤組織是動(dòng)態(tài)變化的，每個(gè)時(shí)期所檢測(cè)出來(lái)的基因組可能都有發(fā)生變化，目前相關(guān)的知識(shí)和數(shù)據(jù)均處在摸索和積累階段，仍然需要不斷的臨床實(shí)踐和研究投入。
關(guān)于腫瘤的NGS基因檢測(cè)，目前主要有兩類，一類是實(shí)體瘤的突變基因組panel測(cè)序，一類是外周血和尿液的液體活檢。ctDNA是液體活檢的一部分，液體活檢還包括CTC和外泌體的檢測(cè)。
目前國(guó)內(nèi)最頂級(jí)的三甲醫(yī)院，如協(xié)和醫(yī)院病理科，醫(yī)學(xué)科學(xué)院腫瘤醫(yī)院，都已經(jīng)能自主根據(jù)臨床的需要，依托自身醫(yī)學(xué)分子實(shí)驗(yàn)室的強(qiáng)大技術(shù)實(shí)力，開(kāi)發(fā)實(shí)體瘤或者血液腫瘤的NGS panel。并為臨床治療提供專業(yè)的測(cè)序檢測(cè)及專業(yè)的數(shù)據(jù)解讀病理報(bào)告。
但正如中國(guó)醫(yī)科院腫瘤醫(yī)院的應(yīng)建明教授指出，實(shí)體瘤NGS panel只是測(cè)量實(shí)體腫瘤的某一時(shí)刻的狀態(tài)。這一點(diǎn)對(duì)初診患者的用藥指導(dǎo)是非常有及時(shí)必要的。但是如果對(duì)患者而言，從初診指導(dǎo)用藥到追蹤腫瘤耐藥進(jìn)展的全過(guò)程，人體內(nèi)腫瘤的狀態(tài)是會(huì)隨著時(shí)間不斷變化的。另外考慮到一些發(fā)現(xiàn)時(shí)已經(jīng)發(fā)生轉(zhuǎn)移的癌癥患者，如果僅僅取某個(gè)部位的癌組織，并不能反應(yīng)患者的整體情況；還有一些已經(jīng)實(shí)施減少腫瘤負(fù)荷的術(shù)后患者，再次對(duì)組織穿刺取樣又不好操作。因此開(kāi)展基于NGS的液體活檢，以及基于FISH的CTC后期檢測(cè)也有很強(qiáng)的臨床需求。
腫瘤NGS面臨的挑戰(zhàn)
實(shí)際上，基因測(cè)序服務(wù)并非大家通常所理解的僅僅是測(cè)序，這只是其中的一步。整個(gè)過(guò)程實(shí)際上包括：樣本處理（提取、建庫(kù)及捕獲），上機(jī)測(cè)序，架構(gòu)算法及數(shù)據(jù)處理，醫(yī)學(xué)注釋對(duì)應(yīng)解讀及問(wèn)題解決。在這四個(gè)步驟中，除了上機(jī)測(cè)序只需要買lifel technology, illumina等公司的測(cè)序儀直接測(cè)，沒(méi)有什么專業(yè)壁壘之外，其他三個(gè)步驟對(duì)醫(yī)學(xué)及計(jì)算機(jī)生物信息和遺傳學(xué)專業(yè)水平要求更大，更能顯示一個(gè)臨床病理診斷實(shí)驗(yàn)室的專業(yè)水平。
架構(gòu)算法方面，雖然有傳統(tǒng)的開(kāi)源算法可以模仿，但這些算法最開(kāi)始主要應(yīng)用于科研領(lǐng)域，準(zhǔn)確度方面還有很大的提升空間，因此需要專業(yè)的生物信息團(tuán)隊(duì)進(jìn)行優(yōu)化提升。從測(cè)序儀測(cè)序得到的原始數(shù)據(jù)，需要后期經(jīng)過(guò)基因組的比對(duì)，數(shù)據(jù)的過(guò)濾篩選等多個(gè)步驟才能得到基因組上的變異信息，從而為疾病的診斷和治療提供參考?；驍?shù)據(jù)分析和解讀也是基因測(cè)序服務(wù)的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。
最后是醫(yī)學(xué)注釋和解讀，拿到了準(zhǔn)確的患者基因情況，需要根據(jù)最新的臨床醫(yī)學(xué)研究進(jìn)展，對(duì)患者的基因情況進(jìn)行醫(yī)學(xué)解讀，這就對(duì)醫(yī)學(xué)解讀團(tuán)隊(duì)提出了很高的要求，需要既懂得生物信息學(xué)的臨床醫(yī)學(xué)研究生來(lái)完成工作。因?yàn)槟壳皩?duì)腫瘤的認(rèn)知還在不斷進(jìn)步中，因此，這部分工作還帶有一定的探索性，除了對(duì)既有的知識(shí)的認(rèn)知，還需要一定的研究分析能力，以發(fā)現(xiàn)新的突變和藥物靶點(diǎn)。
另外，標(biāo)本數(shù)據(jù)的積累，數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建也十分重要，這需要生物信息團(tuán)隊(duì)和醫(yī)學(xué)解讀團(tuán)隊(duì)協(xié)作來(lái)完成，對(duì)硬件和軟件都有較高的要求。一些頂級(jí)三甲醫(yī)院都有自己的數(shù)據(jù)庫(kù)，并且都在不斷的收集數(shù)據(jù)，但是醫(yī)院之間的臨床數(shù)據(jù)無(wú)法共享。缺乏臨床資料，病理診斷及后期隨訪資料的基因數(shù)據(jù)庫(kù)，并不能發(fā)揮出應(yīng)用的價(jià)值。
