什么是普通的基因測(cè)序,它和高通量測(cè)序有什么區(qū)別
“普通的基因測(cè)序”應(yīng)該是指“常規(guī)DNA測(cè)序”吧,是用Sanger法(也就是雙脫氧法)進(jìn)行測(cè)序的方法,目前非常普遍的是直接用ABI 3730xl 進(jìn)行的自動(dòng)測(cè)序,基本上可以做到600bp-800bp的讀長(zhǎng)。
高通量測(cè)序的概念其實(shí)是一個(gè)相對(duì)的概念,在2000年的時(shí)候,3700、MegaBace等儀器上的測(cè)序也是高通量測(cè)序,是相對(duì)手工測(cè)序或者跑平板膠來(lái)說(shuō)的。
不過(guò)到2005年以后,高通量測(cè)序就改指第二代測(cè)序(Next generation sequencing),454、Solexa(后改為Illumina)和SOLiD等第二代測(cè)序,比3730等第一代測(cè)序的通量提高了成千上萬(wàn)倍,甚至上億倍,所以稱為高通量測(cè)序。
NGS的特點(diǎn)主要有:
1、通量高。一個(gè)RUN能產(chǎn)生500Mb-600Gb的數(shù)據(jù)量。
2、讀長(zhǎng)相對(duì)較短。454(約400-500bp),llumina(100-250bp),SOLiD(75-100)。
3、單位數(shù)據(jù)的成本非常低?,F(xiàn)在很多項(xiàng)目測(cè)序的費(fèi)用。已經(jīng)非常低。生物信息分析成本變得更為重要了。
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