鳥(niǎo)槍法如何測(cè)序
全基因組鳥(niǎo)槍法測(cè)序（Whole Genome Shotgun Sequencing）無(wú)需構(gòu)建各類(lèi)復(fù)雜的物理圖譜和遺傳圖譜，采用最經(jīng)濟(jì)有效基因組鳥(niǎo)槍法測(cè)序/鳥(niǎo)槍法Shotgun測(cè)序（Whole Genome Shotgun Sequencing）無(wú)需構(gòu)建各類(lèi)復(fù)雜的物理圖譜和遺傳圖譜，采用最經(jīng)濟(jì)有效的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)方案，直接將整個(gè)基因組打成不同大小的DNA片段構(gòu)建Shotgun文庫(kù)，對(duì)文庫(kù)進(jìn)行隨機(jī)測(cè)序，最后運(yùn)用生物信息學(xué)方法將測(cè)序片段拼接成全基因組序列。
全基因組鳥(niǎo)槍法測(cè)序的主要步驟是：第一，建立高度隨機(jī)、插入片段大小為1.6kb到4kb左右的基因組文庫(kù)?？寺?shù)要達(dá)到一定數(shù)量，即經(jīng)過(guò)兩端測(cè)序的克隆片段的堿基總數(shù)應(yīng)達(dá)到基因組大小的6到10倍。第二，高效、大規(guī)模的克隆雙向測(cè)序。第三，序列組裝。借助Phred, Phrap, Consed 軟件進(jìn)行序列組裝，產(chǎn)生一定數(shù)量的contig。第四，填補(bǔ)缺口。有兩種待填補(bǔ)的缺口，一是沒(méi)有相應(yīng)模板DNA的物理缺口，我們通過(guò)PCR的方法進(jìn)行填補(bǔ)；二是有模板DNA但未測(cè)到的序列缺口，我們直接在模板DNA上設(shè)計(jì)引物測(cè)序。
鳥(niǎo)槍法測(cè)序適用范圍：BAC、Fosmid、cosmid、線粒體DNA、葉綠體DNA等。
全基因組鳥(niǎo)槍法測(cè)序的主要步驟是：第一，建立高度隨機(jī)、插入片段大小為1.6kb到4kb左右的基因組文庫(kù)?？寺?shù)要達(dá)到一定數(shù)量，即經(jīng)過(guò)兩端測(cè)序的克隆片段的堿基總數(shù)應(yīng)達(dá)到基因組大小的6到10倍。第二，高效、大規(guī)模的克隆雙向測(cè)序。第三，序列組裝。借助Phred, Phrap, Consed 軟件進(jìn)行序列組裝，產(chǎn)生一定數(shù)量的contig。第四，填補(bǔ)缺口。有兩種待填補(bǔ)的缺口，一是沒(méi)有相應(yīng)模板DNA的物理缺口，通過(guò)PCR的方法進(jìn)行填補(bǔ)；二是有模板DNA但未測(cè)到的序列缺口，直接在模板DNA上設(shè)計(jì)引物測(cè)序。
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綜述
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