基于圖像的表型分析方法，如廣泛使用的 Cell Painting  分析，使用高內(nèi)涵成像和多參數(shù)輸出來研究細(xì)胞中的生物、遺傳和化學(xué)擾動(dòng)。這種日益流行的方法正被應(yīng)用于從藥物發(fā)現(xiàn)項(xiàng)目到基因組篩選研究。

在標(biāo)準(zhǔn)的 Cell Painting 實(shí)驗(yàn)中，各種細(xì)胞器和結(jié)構(gòu) ( 細(xì) 胞核、細(xì)胞質(zhì)、線粒體、高爾基體、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、細(xì)胞骨架、胞質(zhì) RNA 和核仁 ) 在 5 個(gè)成像通道中被采集。這種廣泛的細(xì)胞染色能夠以單細(xì)胞分辨率對(duì)多種形態(tài)的擾動(dòng)進(jìn)行監(jiān)測(cè)和定量。已發(fā)表的 Cell Painting 分析的局限性包括適合的染料可用性狹窄以及成像系統(tǒng)提供足夠的光譜分離能力。具體來說，高爾基體和肌動(dòng)蛋白是通過同一通道成像的，這就給圖像分析中區(qū)分這兩個(gè)結(jié)構(gòu)帶來了挑戰(zhàn)。這種限制可能會(huì)干擾 hit 的選擇或掩蓋某些化合物的效果， 特別是那些具有影響高爾基體 ( 生物合成途徑 ) 或細(xì)胞骨架網(wǎng)絡(luò)的作用機(jī)制 (MOA) 的化合物。