基于LC-MS/MS分析能夠精確測(cè)定蛋白質(zhì)或多肽分子質(zhì)量這一特性，從而檢測(cè)蛋白質(zhì)或者多肽上位點(diǎn)發(fā)生何種修飾。可檢測(cè)修飾類型如下： 磷酸化、糖基化、乙?；?、泛素化、丙?；?、丁?；⒈；?、戊二?；?、琥珀酰化、單甲基化、二甲基化、三甲基化

DIA無需指定目標(biāo)肽段，掃描點(diǎn)數(shù)均勻，利用譜圖庫即可實(shí)現(xiàn)定性確證和定量離子篩選，并可實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)回溯。

采用CST優(yōu)質(zhì)抗體，特異性高； 鑒定通量高， 一次最高檢測(cè)超過25000個(gè)磷酸化修飾位點(diǎn)； 上萬篇文獻(xiàn)見證。

PRM（平行反應(yīng)監(jiān)視，parallel reaction monitoring）是一種基于高分辨、高精度質(zhì)譜的靶向蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)，能夠?qū)δ繕?biāo)蛋白質(zhì)、目標(biāo)肽段（如發(fā)生翻譯后修飾的肽段）進(jìn)行選擇性檢測(cè)，從而實(shí)現(xiàn)對(duì)目標(biāo)蛋白質(zhì)/肽段進(jìn)行絕對(duì)定量。

4D-label free乙?；揎椀鞍捉M學(xué)是基于timsTOF Pro質(zhì)譜儀，通過數(shù)據(jù)依賴性采集-同步累積連續(xù)碎裂（ddaPASEF）掃描模式進(jìn)行乙?；町惖鞍踪|(zhì)組學(xué)分析。

Label-free（蛋白質(zhì)非標(biāo)記定量技術(shù)）是通過LC-MS/MS技術(shù)對(duì)蛋白質(zhì)酶解肽段進(jìn)行質(zhì)譜分析，無需使用穩(wěn)定同位素標(biāo)簽，只需分析大規(guī)模鑒定蛋白質(zhì)時(shí)所產(chǎn)生的質(zhì)譜數(shù)據(jù)，比較不同樣品中相應(yīng)肽段的信號(hào)強(qiáng)度，從而對(duì)肽段對(duì)應(yīng)的蛋白質(zhì)進(jìn)行相對(duì)定量。

4D-label free磷酸化蛋白組學(xué)是基于timsTOF Pro質(zhì)譜儀，通過數(shù)據(jù)依賴性采集-同步累積連續(xù)碎裂（ddaPASEF）掃描模式進(jìn)行差異磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)分析。4D-label free修飾

TMT技術(shù)是一種多肽體外標(biāo)記的方法，采用2-plex、6-plex或10-plex同位素的標(biāo)簽，通過特異性標(biāo)記多肽的氨基基團(tuán)，然后進(jìn)行串聯(lián)質(zhì)譜分析，可同時(shí)比較2組、6組或10組不同樣品中蛋白質(zhì)的相對(duì)含量。

4D-label free泛素化蛋白組學(xué)是基于timsTOF Pro質(zhì)譜儀，通過數(shù)據(jù)依賴性采集-同步累積連續(xù)碎裂（ddaPASEF）掃描模式進(jìn)行泛素化差異蛋白質(zhì)組學(xué)分析。 封面圖

糖基化是指蛋白質(zhì)在酶的作用下將糖鏈連接到蛋白質(zhì)特定氨基酸形成糖苷鍵的過程。細(xì)胞內(nèi)超過 50% 的蛋白質(zhì)都有一個(gè)或多個(gè)糖鏈。連接于天冬酰胺（Asn）殘基上的N-糖基化在真核生物中廣為存在，也是研究最為深入的一種糖基化形式。蛋白質(zhì)N-糖基化修飾主要在復(fù)雜的多細(xì)胞或組織形成過程中起關(guān)鍵作用，參與細(xì)胞識(shí)別、免疫應(yīng)答、細(xì)胞分化等生命活動(dòng)。 蛋白質(zhì)經(jīng)酶解后利用凝集素（lectin）富集N-糖基化肽段，再用N-糖酰胺酶（PNGase）在重水中切除糖鏈，然后通過LC-MS/MS對(duì)糖基化位點(diǎn)進(jìn)行分析，實(shí)現(xiàn)大規(guī)模N-糖基化蛋白質(zhì)定性定量分析。

利用LC-MS/MS蛋白鑒定技術(shù)對(duì)膠點(diǎn)樣本（2D膠挖點(diǎn)）、膠條樣本（即SDS-PAGE樣本）進(jìn)行蛋白鑒定。

利用針對(duì)不同甲基化位點(diǎn)和修飾形式的基序抗體對(duì)甲基化肽段富集后，再用LC-MS/MS分析，實(shí)現(xiàn)大規(guī)模甲基化蛋白質(zhì)定性定量分析。

利用LC-ESI-MS/MS蛋白鑒定技術(shù)對(duì)IP、co-IP、pull-down等純化溶液樣本進(jìn)行蛋白鑒定，得到與目標(biāo)蛋白相互作用的一系列蛋白質(zhì)。

蛋白質(zhì)全譜分析也可稱為質(zhì)譜shotgun分析，指的是組分分析，研究對(duì)象是完整的組織、體液或其提取物，其目的在于鑒定出盡可能多的肽和蛋白質(zhì)分子。