鎖定目標(biāo)基因，精準(zhǔn)發(fā)現(xiàn)突變信息
目標(biāo)區(qū)域測序是通過定制目標(biāo)基因組區(qū)域的探針，與基因組DNA進行雜交，將目標(biāo)區(qū)域DNA富集后進行高通量測序的技術(shù)手段。通過對大量樣本的目標(biāo)區(qū)域研究，有助于發(fā)現(xiàn)和驗證疾病相關(guān)候選基因或相關(guān)位點，在臨床診斷和藥物開發(fā)方面有著巨大的應(yīng)用潛力。
科學(xué)的方案，高精尖的技術(shù)
從材料選取，建庫測序，到數(shù)據(jù)分析，每一步都需要科學(xué)、縝密的設(shè)計，以保障高質(zhì)量研究成果。
1. 針對目的基因組區(qū)域進行遺傳變異位點檢測；
2. 覆蓋度更深，數(shù)據(jù)更精確，提高對稀有變異的檢測能力；
3. 更經(jīng)濟有效，更高通量，適合大樣本量研究和驗證的開展；
4. 縮短研究周期，加快文章發(fā)表與臨床應(yīng)用。
信息分析
目標(biāo)區(qū)域測序?qū)τ谀繕?biāo)基因進行高深度測序，可精確檢測變異，通常配合全基因組測序和外顯子測序?qū)σ勋@得基因突變進行大樣本量的驗證。同時對于非常規(guī)組織，如FFPE樣本和ctDNA，也可通過加大測序深度增強準(zhǔn)確性。
| 疾病基因組學(xué) | |
| 標(biāo)準(zhǔn)信息分析 | 高級信息分析 |
1. 數(shù)據(jù)質(zhì)控：去除接頭污染和低質(zhì)量數(shù)據(jù) | （一）基于變異有害性的篩選 |
| 癌癥基因組學(xué)（腫瘤成對樣本） | |
| 標(biāo)準(zhǔn)信息分析 | 高級信息分析 |
1. 數(shù)據(jù)質(zhì)控：去除接頭污染和低質(zhì)量數(shù)據(jù) | 1. 高頻突變基因統(tǒng)計及通路富集分析(＞2對樣本) |
悅讀高質(zhì)量測序數(shù)據(jù)，盡享HPC澎湃動力
目標(biāo)區(qū)域測序采用先進的Illumina測序平臺，快速、高效地讀取高質(zhì)量的測序數(shù)據(jù)。
諾禾致源高性能計算平臺（High Performance Computing，HPC）采用DELL計算節(jié)點和Isilon存儲的高效組合，實現(xiàn)快速穩(wěn)定的測序數(shù)據(jù)分析及交付。隨著公司業(yè)務(wù)的發(fā)展，高性能計算平臺將會持續(xù)更新并擴容，以保證高效的數(shù)據(jù)處理和安全的數(shù)據(jù)存儲。
出色完成每一個項目環(huán)節(jié)
諾禾致源疾病基因組事業(yè)部和癌癥基因組事業(yè)部，致力于精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的科研服務(wù)。
結(jié)合豐富的項目經(jīng)驗，專業(yè)的項目方案指導(dǎo)和分析流程，保證項目準(zhǔn)確并且快速地進行。
病毒靶向捕獲測序
很多癌癥與病毒序列插入有關(guān)，研究病毒與人基因組之間的整合關(guān)系，對于闡明病毒相關(guān)腫瘤的發(fā)生發(fā)展機制具有重要意義。
病毒靶向捕獲測序是通過定制特定亞型的病毒探針，與基因組DNA進行雜交，獲得病毒基因組及與之整合的人基因組序列，然后進行高通量測序的技術(shù)手段。
相對傳統(tǒng)的全基因組測序方法，病毒捕獲測序的優(yōu)勢
技術(shù)參數(shù)
信息分析
| 基本分析 | 個性化分析 |
| 1. 人基因組和病毒基因組比對 2. 病毒亞型鑒定 3. 病毒基因組突變檢測 4. 病毒整合位點檢測 5. 高頻整合位點分析 6. 病毒整合位點分布展示 | 1. 病毒進化分析 2. 病毒整合的臨床關(guān)聯(lián)分析 3. 病毒整合與基因表達關(guān)聯(lián)分析 |
經(jīng)典案例
病毒捕獲測序研究肝癌HBV整合及致癌偏好性
Genomic and oncogenic preference of HBV integration in hepatocellular carcinoma
發(fā)表期刊：Nature Genetics
影響因子：12.123
發(fā)表單位：中國人民解放軍第二軍醫(yī)大學(xué)
發(fā)表年份：2016年10月
一、研究背景
肝癌在所有癌癥發(fā)病率中位列第五位，致死率居第三。乙肝病毒（HBV）或丙肝病毒（HCV）慢性感染是誘發(fā)肝癌的主要因素。其中，HBV基因組經(jīng)常會整合到宿主基因組中，引起宿主基因組的損傷和染色體不穩(wěn)定，促進肝癌的發(fā)生。
二、方法流程
取材
426位HBV相關(guān)肝癌患者的腫瘤組織和瘤旁組織
測序
1. 捕獲探針：針對HBV的8種亞型設(shè)計探針
2. 測序平臺：HiSeq 2000 PE100
分析
1. 與人和病毒參考基因組進行比對
2. 病毒整合位點檢測
3. 臨床數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析
三、研究結(jié)果
1. HBV整合與染色體不穩(wěn)定性
在所有樣本中共發(fā)現(xiàn)4225個HBV整合位點，大多整合位點在人基因組上隨機分布，40%的斷點分布于HBV基因組1400~1900bp區(qū)域。
腫瘤組織中整合位點數(shù)高于癌旁組織，對應(yīng)分別有826個、303個基因發(fā)生病毒整合，僅64個基因為二者共有，說明腫瘤和癌旁的病毒
整合模式不同。同時發(fā)現(xiàn)斷點顯著富集于腫瘤的CpG島及端粒附近，表明HBV偏向整合到維持染色體穩(wěn)定性的功能區(qū)。
2. HBV整合影響靶基因表達
在腫瘤組織和正常組織中分別發(fā)現(xiàn)88個、17個HBV高頻整合的基因，除已知基因，還發(fā)現(xiàn)新的整合基因，這些基因在轉(zhuǎn)錄水平和蛋白
表達水平均發(fā)生改變，如發(fā)生HBV整合的TERT表達上調(diào)，且患者生存期明顯縮短。
3. HBV整合與臨床數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)
研究發(fā)現(xiàn)男性肝癌患者HBV整合發(fā)生率明顯高于女性患者，且偏向整合于第2、17號染色體的大量區(qū)域以及核蛋白區(qū)域。
四、研究結(jié)論
本研究全面描繪了肝癌中的HBV整合圖譜，揭示了HBV傾向整合到發(fā)生DNA突變或重排的區(qū)域，同時新發(fā)現(xiàn)了一些HBV高頻整合的靶基因。HBV整合可以促進慢性病毒感染患者向肝癌的致癌轉(zhuǎn)化。
目標(biāo)區(qū)域測序由北京諾禾致源科技股份有限公司 為您提供，如您想了解更多關(guān)于目標(biāo)區(qū)域測序 報價、型號、參數(shù)等信息，歡迎來電或留言咨詢。
注：該產(chǎn)品未在中華人民共和國食品藥品監(jiān)督管理部門申請醫(yī)療器械注冊和備案，不可用于臨床診斷或治療等相關(guān)用途。
